Das bildhübsche mittelalterliche Städtchen Saint-Émilion – seit 1999 Weltkulturerbe der UNESCO – bildet den Kern der gleichnamigen Appellation von rund 5.500 Hektar. Das Klima ist hier schon kontinentaler als am linken Ufer im Bereich Médoc und weist größere Temperaturschwankungen auf. Vor allem aber unterscheidet sich das Gebiet geologisch stark vom Médoc. Man kann es grob in vier Zonen einteilen. Das Plateau umfasst Kalkstein, Tonkalk und sandigen Ton, die Côtes liegen auf ähnlichen Böden, besitzen aber Hangneigung, die Graves werden von Kies und Schotter geprägt und die Sables von Schwemmland-Schotter. 60 % der Weinberge sind mit Merlot bepflanzt, danach kommen Cabernet Franc, Cabernet Sauvignon, Malbec und Carmenère. Weißwein wird kaum erzeugt. Die Weine werden fast ausschließlich in neuen Barriques aus französischer Eiche ausgebaut.
Neben den Saint-Émilion AOC als Basis findet man Saint-Émilion Grand Cru. Die besten Weine werden seit 1955 als Saint-Émilion Grand Cru Classé bezeichnet. Im Gegensatz zur Klassifizierung im Médoc wird die Hierarchie immer wieder angepasst. Aktuell findet man vier Spitzenweingüter unter der Kategorie Premier Grand Cru Classé (A) und mehrere Dutzend der Kategorie B. Die vier Spitzenweingüter sind Château Angélus, Ausone, Cheval Blanc und Pavie.
Die benachbarte Appellation hat einen ebenso legendären Ruf, ist mit 760 Hektar jedoch deutlich kleiner. Entsprechend sind die Weine aus Pomerol noch gesuchter und teurer. Pomerol, vom lateinischen pomarium (Obst- bzw. Apfelgarten), wurde erst im Jahr 1900 ein eigenständiger Bereich. Er unterscheidet sich vom Plateau Saint-Émilions durch Zwischenschichten in den Sand- und Kiesböden, den »Crasse de fer«, eisenhaltigem Stein, der mit dazu beiträgt, dass die Weine des Pomerol ein einzigartig samtiges Tannin aufweisen und sehr lagerfähig sind. Im Pomerol dominiert der Merlot mit 80 % noch deutlicher. Wohl weil die Appellation so klein ist, gibt es keine Grand-Cru-Klassifizierung. Die berühmtesten Weingüter heißen Pétrus, Le Pin, Latour à Pomerol, Vieux Château Certan, Trotanoy, Gazin oder L’Evangile.